抗體與抗原結合後，在病原體表面打洞，使其破裂死亡，這過程叫溶菌作用。因為抗體能活化某些血漿蛋白釋放消化酶，消化病原體的細胞壁或蛋白質外殼，溶解病原體。

抗體與抗原結合，把病原體黏結成團狀或網狀結構，容易被吞噬細胞吞噬。聚集而成的病原體由於體積過大，不能繁殖或進入人體細胞。

某些抗體具有抗毒素功能，可中和一些病原體的毒素，並使病原體較易被吞噬細胞吞噬。

抗體與病原體表面的抗原結合後，相當於給病原體貼上了標籤。被“標記”上的病原體容易被吞噬細胞識別和吞噬。